黄檗宗の祖、隠元禅師の弟子である鉄眼禅師に仕えていた鳳潭上人によって享保8年（1723年）にこの地に華厳寺が建てられました。鳳潭上人は日本100名僧の一人にあげられることもある江戸時代を代表する学僧であり、多宗派との論争を繰り返したことで有名です。当時衰退していた華厳宗の再興を鉄眼禅師から命じられ華厳宗の学問寺院として建てられたのが華厳寺です。鳳潭上人の没後、弟子の覚洲和尚・義存和尚と引き継がれ七代目の住職慶巌和尚によって臨済宗に改派し現在に至っています。